Die Kirchenfenster wurden in den Jahren 1960/61 vom Feldkircher Maler Martin Häusle (1903-1966) geschaffen. Thematisch zeigen sie im Hauptschiff und im Chor den Gang der Heilsgeschichte von der Schöpfung bis zur Vollendung des neuen Jerusalem.
Die Rosette über dem rückwärtigen Seiteneingang zeigt die Schöpfungsgeschichte. Im ersten Langfenster wird die Vertreibung aus dem Paradies geschildert, das heraus leuchtende Bild der Schlangenzertreterin birgt aber neue Hoffnung. Das mittlere Langfenster beinhaltet Gottes Erbarmen durch die Entsendung des Erlösers, dessen Wirken in acht Wundern geschildert wird. In der Rosette über dem vorderen Eingang erscheint Christus der Auferstandene, der durch das Kreuz den Herrscherthron gewann, umgeben von Engeln mit den Leidenswerkzeugen. Das vordere Langfenster enthält den Auftrag Christi an Petrus: Weide meine Schafe.
Das zentrale Fenster über dem Hochaltar stellt die Kirchenpatrone Nikolaus und Katharina dar, darunter die vier lebenden Wesen als Symbole der Evangelisten. Darüber im kleinen Rundfenster ist das Lamm mit dem Buch mit den sieben Siegeln dargestellt. Die beiden Seitenschifffenster sind den Heiligen Fidelis und Gebhard gewidmet, den Patronen der 1968 errichteten Diözese Feldkirch. In den Seitenfenstern stehen Engel der Geheimen Offenbarung anbetend um den Thron des Lammes. Musizierende Engel füllen die Rosetten der Nordwand, die Rosettenfenster über den Seitenportalen sind dem Thema des Schutzengels und der brüderlichen Haltung zum Nächsten gewidmet.
In der Marienkapelle befindet sich ein Zyklus von Marienbildern, das Fenster der Abendmahlskapelle, früher Taufkapelle, macht das Thema der Hl. Taufe in sechs Bildern lebendig. Die Farbenpracht aller Fenster erfüllt das Gotteshaus mit immer sich veränderndem farbigen Licht.